Minstens eenmaal per jaar wordt in het Zijper Museum een tentoonstelling gehouden rond een bepaald thema. De afgelopen jaren zijn daarbij onderwerpen als ‘Zuivel uit de kop’, ‘Zijpe en het Water’ en ‘Cornelis Bok en zijn tijd’ gepresenteerd. In verband met de onzekerheid rond een nieuw onderkomen van het museum, na het opgaan van de gemeente Zijpe in de fusiegemeente Schagen, is zowel in 2012 als in 2013 de expositie ‘De Zijper Dorpen polderen voort” te zien geweest.

Naast deze wisselexposities is in het museum een vaste hoek gereserveerd voor materiaal over de gebroeders Niestadt aan wie het Zijper Museum een zeer omvangrijke en naar hen genoemde fotocollectie te danken heeft.

Nieuwe exposities beginnen doorgaans begin maart en lopen door tot eind december. In het begin van een nieuw kalenderjaar vinden de voorbereidingen plaats voor een volgende expositie en in die periode is het museum gesloten.