De bibliotheek van het Zijper Museum is de plek waar je alles te weten kan komen over de Zijper polder en zijn inwoners. De bibliotheek is ondergebracht in de studieruimte waar historici, studenten, en nieuwsgierigen onderzoek kunnen doen naar bijvoorbeeld families, boerderijen, molens, bewoning, gebeurtenissen en evenementen die te maken hebben met de Zijpe. Er is een leestafel, er zijn pc’s voor het doorzoeken van digitale bronnen en beeldbanken, en hier staan ook de microfiche-readers ten behoeve van stamboomonderzoek.