Het Zijper Museum  beschikt over een vaste opstelling waarin de geschiedenis van de Zijper polder en zijn bewoners wordt gepresenteerd. Naast dit onderdeel over de erfgoedcollectie omdat de vaste opstelling ook de Niestadt en Ter Beziens Fotocollecties.

Minsten eenmaal per jaar wordt een nieuwe tijdelijke expositie ingericht. In deze exposities worden meestal onderwerpen uit de vaste opstelling nader uitgewerkt. 

In een afzonderlijke ruimte worden om de twee à drie maanden nieuwe gastexposities ingericht, waarin kunstenaars of verzamelaars uit de regio hun kunstwerken of collecties laten zien.